Threema zaujímá specifickou niku v prostředí šifrované komunikace: slouží uživatelům, kteří chtějí jak silnou kryptografii, tak skutečnou anonymitu, nejen to první. Většina aplikací zaměřených na soukromí stále při registraci vyžaduje telefonní číslo, které váže účet k reálné identitě. Threema se tomu zcela vyhýbá tím, že každému uživateli přiřadí náhodně vygenerované Threema ID. Tato designová volba je nejdistinktivnějším rysem aplikace a má jasnou praktickou hodnotu pro uživatele ve vysoce rizikových prostředích nebo pro ty, kteří prostě preferují oddělení identit.
Z bezpečnostního hlediska Threema využívá osvědčenou kryptografickou knihovnu NaCl pro end-to-end šifrování. Zprávy, hlasové hovory, skupinové chaty, přenosy souborů a dokonce i stavové zprávy jsou šifrovány ještě před odesláním ze zařízení. Společnost zveřejňuje svůj zdrojový kód a zadala nezávislé audity, což je smysluplný krok směrem k odpovědnosti. Tvrzení o kryptografii jsou ověřitelná, nikoli jen deklarovaná.
Švýcarská jurisdikce stojí za zmínku. Švýcarsko není součástí EU ani zpravodajské aliance Five Eyes a jeho právní rámec obecně vyžaduje vyšší práh pro zveřejnění dat než mnoho jiných zemí. To nicméně neznamená, že Švýcarsko je právním vakuem, a závažná trestní vyšetřování mohou stále přinutit švýcarské společnosti ke spolupráci. Uživatelé by neměli považovat švýcarský hosting za absolutní záruku soukromí.
Z hlediska použitelnosti funguje Threema spolehlivě. Rozhraní je přehledné, aniž by postrádalo užitečné funkce. Skupinové chaty, ankety, hlasové a video hovory, mizející zprávy a sdílení souborů fungují podle očekávání. Desktopový klient a webové rozhraní jsou funkční, přestože synchronizace více zařízení byla historicky slabým místem ve srovnání s aplikacemi jako Signal, který dříve zavedl bezproblémovou podporu propojených zařízení. Threema zde provedla vylepšení, ale zážitek zatím není tak plynulý jako u některých konkurentů.
Cenový model je zároveň skutečným odlišujícím prvkem i skutečnou překážkou. Zaplatit přibližně 5 USD jednorázově namísto měsíčního předplatného je z dlouhodobého hlediska rozumné. Počáteční náklady však odrazují od příležitostného přijetí. Síťové efekty jsou v komunikačních aplikacích klíčové a uživatelská základna Threemy zůstává malá ve srovnání s mainstreamovými alternativami. Uživatel, který přejde na Threemu, může zjistit, že tam má jen málo stávajících kontaktů, což ho nutí k nepříjemné volbě udržovat několik komunikačních aplikací současně.
Threema Work, podniková varianta, rozšiřuje platformu na organizace ochotné platit ceny za každé místo, které jsou konkurenceschopné na trhu podnikové komunikace a získaly si přijetí v některých evropských vládních a firemních prostředích.