Threema занимает особую нишу в экосистеме зашифрованных мессенджеров: приложение ориентировано на пользователей, которым нужны как надёжная криптография, так и подлинная анонимность, а не только первое. Большинство приложений, ориентированных на конфиденциальность, всё равно запрашивают номер телефона при регистрации, что связывает аккаунт с реальной личностью. Threema полностью обходит эту проблему, присваивая каждому пользователю случайно сгенерированный Threema ID. Это архитектурное решение является наиболее отличительной особенностью приложения и имеет очевидную практическую ценность для пользователей в условиях повышенного риска или тех, кто предпочитает разграничение цифровой личности.

С точки зрения безопасности, Threema использует хорошо зарекомендовавшую себя криптографическую библиотеку NaCl для сквозного шифрования. Сообщения, голосовые звонки, групповые чаты, передача файлов и даже статусные сообщения шифруются до того, как покидают устройство. Компания публикует исходный код и заказывала независимые аудиты — это значимый шаг к подотчётности. Криптографические заявления поддаются проверке, а не просто декларируются.

Швейцарская юрисдикция заслуживает отдельного внимания. Швейцария не входит ни в ЕС, ни в альянс разведки «Пять глаз», а её правовая база, как правило, устанавливает более высокий порог для раскрытия данных, чем законодательство многих других стран. Вместе с тем Швейцария не является правовым вакуумом: в рамках серьёзных уголовных расследований швейцарские компании всё же могут быть принуждены к сотрудничеству. Пользователям не следует воспринимать швейцарский хостинг как абсолютную гарантию конфиденциальности.

С точки зрения удобства использования, Threema работает надёжно. Интерфейс чистый, но не лишённый полезных функций. Групповые чаты, опросы, голосовые и видеозвонки, исчезающие сообщения и обмен файлами работают так, как и ожидается. Настольный клиент и веб-интерфейс функциональны, однако синхронизация между несколькими устройствами исторически являлась слабым местом по сравнению с такими приложениями, как Signal, который раньше представил бесшовную поддержку связанных устройств. Threema внёс улучшения в этой области, но опыт использования пока уступает некоторым конкурентам.

Ценовая модель одновременно является подлинным отличительным преимуществом и реальным препятствием. Разовая плата около 5 USD вместо ежемесячной подписки разумна в долгосрочной перспективе. Однако единовременная стоимость препятствует стихийному распространению. Сетевые эффекты критически важны в сфере мессенджеров, а пользовательская база Threema остаётся небольшой по сравнению с основными альтернативами. Пользователь, перешедший на Threema, может обнаружить, что там почти нет его контактов, что вынуждает его перед неудобным выбором: использовать несколько мессенджеров одновременно.

Threema Work — корпоративный вариант платформы — предлагает организациям поценовую модель оплаты за пользователя, которая конкурентоспособна на рынке корпоративных коммуникаций и нашла применение в ряде европейских государственных структур и коммерческих организациях.