Threema, şifreli mesajlaşma ekosisteminde belirli bir niş alanı işgal etmektedir: Yalnızca güçlü kriptografi değil, aynı zamanda gerçek anonimlik isteyen kullanıcılara hitap etmektedir. Gizlilik odaklı uygulamaların büyük çoğunluğu kayıt sırasında hâlâ telefon numarası toplamakta; bu da bir hesabı gerçek dünyadaki bir kimliğe bağlamaktadır. Threema bu durumu tamamen bertaraf ederek her kullanıcıya rastgele oluşturulmuş bir Threema ID atar. Bu tasarım tercihi, uygulamanın en belirgin özelliğidir ve yüksek riskli ortamlardaki kullanıcılar ya da yalnızca hesap ayrıştırmayı tercih edenler için somut bir pratik değer taşımaktadır.
Güvenlik açısından Threema, uçtan uca şifreleme için köklü NaCl kriptografi kütüphanesini kullanmaktadır. Mesajlar, sesli aramalar, grup sohbetleri, dosya transferleri ve hatta durum mesajları cihazdan çıkmadan önce şifrelenmektedir. Şirket kaynak kodunu kamuoyuyla paylaşmakta ve bağımsız denetimler yaptırmaktadır; bu durum hesap verebilirlik açısından anlamlı bir adım oluşturmaktadır. Kriptografi iddiaları yalnızca beyan edilmekle kalmayıp doğrulanabilir niteliktedir.
İsviçre yargı yetkisi üzerinde durmak gerekmektedir. İsviçre, AB'nin ya da Beş Göz istihbarat ittifakının bir parçası değildir ve ülkenin hukuki çerçevesi, pek çok başka ülkeye kıyasla veri ifşası için genel olarak daha yüksek bir eşik öngörmektedir. Bununla birlikte İsviçre yasal bir boşluk değildir; ciddi ceza soruşturmaları İsviçre şirketlerini iş birliği yapmaya hâlâ zorlayabilir. Kullanıcılar, İsviçre'deki barındırmayı mutlak bir gizlilik güvencesi olarak değerlendirmemelidir.
Kullanılabilirlik açısından Threema güvenilir biçimde çalışmaktadır. Arayüz, kullanışlı özelliklerden arındırılmaksızın sade bir görünüm sunmaktadır. Grup sohbetleri, anketler, sesli ve görüntülü aramalar, kaybolan mesajlar ve dosya paylaşımı beklendiği gibi çalışmaktadır. Masaüstü istemcisi ve web arayüzü işlevseldir; ancak çoklu cihaz senkronizasyonu, sorunsuz bağlantılı cihaz desteğini daha önce sunan Signal gibi uygulamalarla karşılaştırıldığında tarihsel olarak zayıf bir nokta olmuştur. Threema bu konuda iyileştirmeler yapmış olsa da deneyim henüz bazı rakipler kadar akıcı değildir.
Fiyatlandırma modeli aynı anda hem gerçek bir farklılaştırıcı hem de gerçek bir engel niteliği taşımaktadır. Aylık abonelik yerine yaklaşık 5 USD ödeyip geçmek uzun vadede mantıklıdır. Ancak peşin maliyet, rastgele benimsemeyi caydırmaktadır. Ağ etkileri mesajlaşmada belirleyici bir öneme sahip olup Threema'nın kullanıcı tabanı, ana akım alternatiflere kıyasla küçük kalmaya devam etmektedir. Threema'ya geçen bir kullanıcı, mevcut kişilerinin büyük bölümünü burada bulamayabilir; bu durum da birden fazla mesajlaşma uygulamasını kullanmaya devam etme gibi rahatsız edici bir seçimi beraberinde getirir.
Kurumsal varyant olan Threema Work, platformu kullanıcı başına ücretlendirme modeliyle ödeme yapmaya hazır kuruluşlara genişletmektedir. Bu model, iş iletişimi pazarında rekabetçi bir konumda yer almakta ve bazı Avrupalı devlet kurumları ile kurumsal ortamlarda benimseme görmüştür.